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參與22家科技公司的創(chuàng)立,George Church如何從“被開除”到成為哈佛“全才科學(xué)家”

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參與22家科技公司的創(chuàng)立,George Church如何從“被開除”到成為哈佛“全才科學(xué)家”

George Church,科學(xué)家與創(chuàng)業(yè)者的完美結(jié)合。

文|動(dòng)脈橙果局

George Church教授或許是哈佛大學(xué)商業(yè)化最成功的科學(xué)家之一。他是人類遺傳學(xué)和生物技術(shù)領(lǐng)域的權(quán)威科學(xué)家,他以在基因組測序、基因編輯、合成生物學(xué),以及神經(jīng)科學(xué)的科研貢獻(xiàn)而享譽(yù)全球。

同時(shí),他也是個(gè)人基因組學(xué)和合成生物學(xué)的開創(chuàng)者。他對產(chǎn)業(yè)的貢獻(xiàn)包含了人類基因組學(xué)、綠色化學(xué)和清潔能源等。

他在1984年參與啟動(dòng)了20世紀(jì)人類最偉大的幾乎之一“人類基因組計(jì)劃”,并于1986年加入哈佛醫(yī)學(xué)院,他現(xiàn)在是哈佛醫(yī)學(xué)院遺傳學(xué)教授,也是哈佛大學(xué)懷斯生物靈感工程研究所的創(chuàng)始成員。

在40余年的研究生涯中,Church成為了基因組工程、再生醫(yī)學(xué)、合成生物學(xué)等領(lǐng)域金字塔頂端的科學(xué)家,開創(chuàng)了復(fù)用分子等概念,并在新技術(shù)轉(zhuǎn)移轉(zhuǎn)化上有著卓越成就。

他在生命科學(xué)領(lǐng)域累積發(fā)表了超過400篇學(xué)術(shù)論文,并擁有95項(xiàng)專利,諸多突破性創(chuàng)新也成為了Editas Medicine(基因治療)、 Gen9bio(合成DNA)等知名生物技術(shù)新銳的基礎(chǔ)。這些公司正在將這些創(chuàng)新技術(shù)應(yīng)用于醫(yī)學(xué)診斷、創(chuàng)新療法以及合成生物學(xué)中。

01 被退學(xué)的天才

1954年8月,這位偉大的遺傳學(xué)先驅(qū)出生于佛羅里達(dá)州的麥克迪爾空軍基地。他上過公立學(xué)校,也上過天主教學(xué)校,但他認(rèn)為這兩個(gè)系統(tǒng)的教育資源都比較貧乏。

不滿足學(xué)校課程的Church閱讀了大量書籍,他尤其喜歡科學(xué)類。10歲左右,Church就自己建造了一臺(tái)模擬計(jì)算機(jī)。

他的繼父是一名醫(yī)生,受他的影響,Church也對生化科學(xué)有著濃厚興趣。繼父的醫(yī)藥包里有各類藥物,幼時(shí)的Church對此充滿好奇。

他找來一些蝌蚪分成兩組,將藥片碾碎加入其中一組的水里,觀察對比兩組蝌蚪的生長情況。最終,他發(fā)現(xiàn)激素能夠在一定程度上加速蝌蚪的生長,并把結(jié)果展示在生物課上。

高中時(shí),Church第一次離開佛羅里達(dá)州,他被送到了馬薩諸塞州安多弗的菲利普斯學(xué)院讀書。

Church在宿舍里養(yǎng)了一堆食肉植物,并想通過澆灌赤霉素把它們變成龐然大物;他用達(dá)特茅斯學(xué)院的共享電腦自學(xué)計(jì)算機(jī)知識(shí);還在完成化學(xué)課程后被允許獨(dú)立進(jìn)入化學(xué)實(shí)驗(yàn)室,繼續(xù)對化合物進(jìn)行探索。

這段經(jīng)歷對他的大學(xué)生涯有著持續(xù)影響,在1972年進(jìn)入杜克大學(xué)后,Church選修了許多研究生和獨(dú)立學(xué)習(xí)的課程,并在2年內(nèi)完成,順便還參加了麻省理工學(xué)院的量子物理學(xué)暑假課程。

1973年,Church進(jìn)入Sung-Hou Kim的晶體學(xué)實(shí)驗(yàn)室,在這里,他“終于找到了計(jì)算機(jī)與生物學(xué)的交集”。出于對物理、數(shù)學(xué)、生物學(xué)、化學(xué)和計(jì)算機(jī)等科學(xué)強(qiáng)烈的好奇心,他在杜克大學(xué)的第二年和最后一年都泡在那兒。

Church曾這樣回憶這段時(shí)光:“Kim幾乎把我以同輩相待,他能夠注意到我身上的閃光點(diǎn),這些是別人沒有發(fā)現(xiàn)的?!?/p>

對科研的執(zhí)著讓Church決定繼續(xù)讀研究生,由于覺得自己還年輕也不成熟,他認(rèn)為自己應(yīng)該繼續(xù)呆在同一個(gè)學(xué)校,申請了杜克大學(xué)的微生物博士。

這期間,他依舊呆在Kim的實(shí)驗(yàn)室,并很快發(fā)表了五篇文章。一年后,Church改讀生化博士。但不久之后,他卻遭遇了人生的第一個(gè)低谷——Church被學(xué)校退學(xué)了。

退學(xué)的原因是由于沒有去上課,Church生化和微生物兩門課掛了科。但Church認(rèn)為這些課程都已經(jīng)學(xué)過了,沒有必要再去重復(fù)一遍。導(dǎo)師Kim曾試圖說服學(xué)校讓Church留下,但終究無果。

多年后,《國家地理》高級(jí)編輯彼得·米勒在系列節(jié)目《創(chuàng)新者》中這樣評價(jià):“作為杜克大學(xué)的一名研究生……他用x射線結(jié)晶學(xué)研究了“轉(zhuǎn)移”RNA的三維結(jié)構(gòu),該RNA對DNA進(jìn)行解碼,并將指令傳遞到細(xì)胞的其他部分。這是一項(xiàng)開創(chuàng)性的研究,但Church每周在實(shí)驗(yàn)室花費(fèi)的時(shí)間高達(dá)100小時(shí),以至于他(1975年秋天)忽略了其他課程?!?。

“我喜歡做研究,但不喜歡上課,因?yàn)槲冶究频臅r(shí)候已經(jīng)學(xué)過了,”談及這段經(jīng)歷,Church曾多次這樣回憶。

02 一場測序技術(shù)的革命

好在Kim并沒有放棄他,他讓Church繼續(xù)呆在實(shí)驗(yàn)室做技術(shù)員。在Church意志消沉,打算就這樣過一輩子時(shí),也是Church鼓勵(lì)他:“我不認(rèn)為你會(huì)止步于技術(shù)員,你有很多想法,理應(yīng)在去申請研究生”。

但Church對這些話半信半疑,他覺得一個(gè)被杜克大學(xué)退學(xué)的人怎么再去申請研究生。于是他糊弄的只填了哈佛大學(xué)分子生物學(xué)博士的申請書,沒有抱太大希望的等待著。即使在多年后,Church依然對自己能夠進(jìn)入哈佛大學(xué)的博士課程感到驚訝。

在進(jìn)入哈佛大學(xué)讀博前的那個(gè)夏天,Church呆在波士頓看分子生物學(xué)論文和計(jì)劃實(shí)驗(yàn)。那時(shí)他就已經(jīng)在構(gòu)思改良DNA測序技術(shù),并決定要加入了諾貝爾獎(jiǎng)得主Walter Gilbert的實(shí)驗(yàn)室。

博士期間,Church研究了聚合酶測序法,并開發(fā)了一些最早的測序儀,掀起了下一代測序的革命。

往后的幾十年,Church一直在哈佛大學(xué)任教、科研。他的研究成果為基因組測序和基因編輯奠定了發(fā)展基礎(chǔ),并基于這些基礎(chǔ)研究開創(chuàng)了基因測序、合成生物學(xué)及腦科學(xué)等大熱領(lǐng)域的顯赫。在這里,他開啟了屬于自己的生命科學(xué)時(shí)代。

1985年,生命科學(xué)領(lǐng)域發(fā)起了一項(xiàng)宏偉的計(jì)劃——“人類基因組計(jì)劃”。這是一項(xiàng)跨國跨學(xué)科的科學(xué)探索工程,其宗旨在于測定組成人類染色體(指單倍體)中所包含的30億個(gè)堿基對組成的核苷酸序列,從而繪制人類基因組圖譜,并且辨識(shí)其載有的基因及其序列,達(dá)到破譯人類遺傳信息的最終目的。Church是這一計(jì)劃的發(fā)起人之一。

此外,Church還和Walter Gilbert共同發(fā)明了直接基因組測序發(fā),奠定了二代測序技術(shù)發(fā)展的基石。這些技術(shù)在2005年開始影響規(guī)?;瘻y序。

不僅如此,Church也是納米孔測序技術(shù)的發(fā)明人之一,他目前在Illumina、Danaher Corporation、羅氏診斷、太平洋生物科學(xué)等幾乎所有的大型測序公司擔(dān)任顧問。毫不夸張的說,他是下一代測序的重要奠基人。

第二代測序儀誕生使得測序成本下降形成“超摩爾定律”之勢,Church便開始推動(dòng)個(gè)人基因組的普及。

他在2005年啟動(dòng)了個(gè)人基因組計(jì)劃(PGP)希望能從全球招募10萬個(gè)體,通過對基因數(shù)據(jù)的共享,來回答一個(gè)問題——人類為什么會(huì)罹患各類疾病,或者不會(huì)得某些疾病。

達(dá)成這一目標(biāo)的關(guān)鍵是數(shù)據(jù)的整合與共享。目前參與該計(jì)劃的國家包括美國、加拿大、英國、奧地利,以及中國。據(jù)了解,該計(jì)劃是目前全球唯一開放人類基因組和特征數(shù)據(jù)集。

他分別在2014年和2018年參與創(chuàng)立了Veritas Genetics和Nebula Genomics,旨在通過測序技術(shù)、區(qū)塊鏈等技術(shù)讓更多人從基因組數(shù)據(jù)中受益。

2004年開始,Church和團(tuán)隊(duì)開始致力于DNA合成與組裝的研究,并開發(fā)了用于組合文庫和大型基因組片段的DNA陣列(又名DNA芯片)組裝的合成器。

基于在人類基因組計(jì)劃、測序技術(shù),以及DNA合成與組裝領(lǐng)域的卓越貢獻(xiàn),他在2012年當(dāng)選美國國家工程院院士。

03 第三代基因編輯重要奠基人,引領(lǐng)合成生物學(xué)時(shí)代

Church還是“基因工程”的開創(chuàng)者之一。

他在1997年開始研究普通同源重組或序列特異性核酸酶技術(shù),并在Jennifer Doudna和Emmanuelle Charpentier發(fā)現(xiàn)的CRISPR/Cas9技術(shù)上進(jìn)行優(yōu)化,開發(fā)了多重自動(dòng)基因組工程技術(shù)(MAGE)。

區(qū)別于一次僅改造一個(gè)基因的技術(shù),MAGE可對細(xì)胞染色體上的多個(gè)基因或位點(diǎn)進(jìn)行修飾,方式也是多樣的,可以是插入、錯(cuò)配或缺失?;谶@一技術(shù),Church和團(tuán)隊(duì)進(jìn)行了多項(xiàng)應(yīng)用研究,為后續(xù)合成生物學(xué)、細(xì)胞治療、異種移植等領(lǐng)域的發(fā)展奠定了基礎(chǔ)。

2013年,他的團(tuán)隊(duì)首次實(shí)現(xiàn)了大腸桿菌基因組的重新編碼,他們進(jìn)一步改造了E. coli菌株,使得E. coli菌株能夠產(chǎn)生一種本身不能合成、且自然界中不存在的氨基酸。

幾十年里,科學(xué)家們?yōu)榱嗽诘鞍踪|(zhì)中加入非天然氨基酸進(jìn)行了各種嘗試,基因密碼子拓展技術(shù)就是其中一種探索,通過定點(diǎn)插入非天然氨基酸,可以拓展藥物設(shè)計(jì)空間,可以突破傳統(tǒng)大分子藥物研發(fā)的現(xiàn)有模式,是一種極具潛力的革命性技術(shù)。

2017年,基于在合成生物學(xué)和基因編輯領(lǐng)域的研究,Church實(shí)驗(yàn)室孵化出了一家叫做GRObio的初創(chuàng)公司。該公司重新編碼了大腸桿菌的基因組,使這些細(xì)菌能夠通過使用非天然氨基酸產(chǎn)生蛋白質(zhì),目前已獲得3120 萬美元的投資。

iPS重編程在構(gòu)建疾病模型和新藥開發(fā)中有著很高的應(yīng)用價(jià)值,成為近幾年的研究熱點(diǎn)。Church是人類誘導(dǎo)多能干細(xì)胞(hiPS)研究領(lǐng)域最領(lǐng)先的研究人員之一。

他在2014年領(lǐng)導(dǎo)團(tuán)隊(duì)在人iPS細(xì)胞中進(jìn)行了CRISPR基因編輯研究,通過將全基因組測序和靶向深度測序結(jié)合起來,評估了Cas9編輯iPS細(xì)胞時(shí)的脫靶效應(yīng),還鑒定了一個(gè)影響Cas9特異性的單核苷酸變異(SNV)。

除了基于人的研究外,Church還利用基因編輯技術(shù)在動(dòng)物研究中進(jìn)行了更多前沿而大膽的嘗試。2015年,Church通過CRISPR 基因編輯成功將長毛象基因片段復(fù)制到一頭亞洲象的基因組中。

科學(xué)家們通過冷凍猛犸象標(biāo)本獲得其基因片段(包括耳朵、皮下脂肪和毛發(fā)屬性等信息),在將這些片段拼接到亞洲象皮膚細(xì)胞的DNA中。這一實(shí)驗(yàn)標(biāo)準(zhǔn)著猛犸象自滅絕以來,其基因首次在功能層面上活躍。

但Church表示,“僅僅改變DNA并沒有什么意義。我們想讀出表型。”

為了做到這一點(diǎn),該團(tuán)隊(duì)計(jì)劃進(jìn)行進(jìn)一步的研究,嘗試將雜交大象/猛犸象的皮膚細(xì)胞變成可以在人工子宮中生長的雜交胚胎。2021年9月13日,Church成立了Colossal,該公司試圖利用遺傳密碼來恢復(fù)毛猛犸象。

不過,猛犸象遺骸已歷經(jīng)萬年,細(xì)胞核早已受損。所以嚴(yán)格意義上說,所謂的 “復(fù)活”,只能是 “產(chǎn)生新的個(gè)體,其基因中含有猛犸象的某些性狀”。目前, Colossal已宣布獲得了1500萬美元種子輪融資。

他還參與了多重DNA用途的發(fā)現(xiàn)工作,包括弱相互作用大質(zhì)量粒子(WIMP)暗物質(zhì)探測器、抗癌“納米機(jī)器人”,以及密度超過傳統(tǒng)磁盤驅(qū)動(dòng)器100萬倍ID數(shù)字?jǐn)?shù)據(jù)存儲(chǔ)策略。通過聚合酶的的作用,DNA可以用來感知和存儲(chǔ)光子、核苷酸或離子的變化。

04 “腦科學(xué)”計(jì)劃的誕生

Church還是腦科學(xué)計(jì)劃的提出者之一。

在2011年9月英國的一次贊助會(huì)上,Church和卡夫利基金會(huì)的哥倫比亞大學(xué)科學(xué)家Rafael Yuste提倡:通過廣泛、協(xié)調(diào)一致的努力來開發(fā)一項(xiàng)新技術(shù),用于追蹤人類大腦的功能連接活動(dòng),最終可以達(dá)到測量每一個(gè)神經(jīng)元活動(dòng)的水平。

盡管一些與會(huì)者持懷疑態(tài)度,但該倡議最終還是形成了一本白皮書,由卡夫利基金會(huì)科學(xué)家項(xiàng)目副主席Miyoung Chun主導(dǎo)推廣活動(dòng)。同年12月,他們在NIH、DARPA和白宮科技政策辦公室(OSTP)舉行了一系列會(huì)議。

2012年,這個(gè)六人團(tuán)隊(duì)在《神經(jīng)元》雜志發(fā)表了關(guān)于項(xiàng)目的研究目的和細(xì)節(jié),并說明項(xiàng)目將逐步從繪制果蠅等簡單模型生物的大腦活動(dòng)圖譜發(fā)展到制作如小臭鼩等擁有月100萬個(gè)神經(jīng)元的生物大腦圖譜。

他們強(qiáng)調(diào),人類大腦活動(dòng)圖譜是這一項(xiàng)目的最終目標(biāo),但這并非近期目標(biāo)。

這一年7月,根據(jù)OSTP提出要像人類基因組計(jì)劃那樣在科學(xué)和科技領(lǐng)域具有重大挑戰(zhàn)性的要求,Church以及其他文章的合著者,以及聯(lián)邦機(jī)關(guān)的官員(尤其是OSTP政策司副司長Tom Kali)多次對話后,對此前提議進(jìn)行了修改,將項(xiàng)目更多關(guān)注點(diǎn)放在對于人類的適用性上。OSTP和NIH的參與使得該課題向著更具有社會(huì)意義的方向轉(zhuǎn)變。

2013年,奧巴馬宣布啟動(dòng)名為“通過推動(dòng)創(chuàng)新型神經(jīng)技術(shù)開展大腦研究”計(jì)劃,這一計(jì)劃源于六人團(tuán)隊(duì)上一年提出的“大腦活動(dòng)地圖(Brain Activity Map)”。

該項(xiàng)目從最初提議開發(fā)一種研究大腦功能的技術(shù),到后來轉(zhuǎn)移到研究動(dòng)物模型的腦部活動(dòng)突破,再到提議該計(jì)劃更應(yīng)該關(guān)注人類腦部,到最終奧巴馬宣布計(jì)劃成立,計(jì)劃的目標(biāo)不斷調(diào)整,最終研究目標(biāo)確定為不僅致力于腦功能的研究,也致力于神經(jīng)技術(shù)和工具的研發(fā)。

05 參與22家科技公司的創(chuàng)立

作為科學(xué)家,Church無疑成功且卓越的,他是下一代測序技術(shù)以及CRISPR技術(shù)的奠基人,并且基于這些研究工具,開創(chuàng)了個(gè)人基因組、合成生物學(xué)、腦科學(xué)等多個(gè)時(shí)代。

同樣,Church也是一名成功的創(chuàng)業(yè)者。

在Biogen的經(jīng)歷激發(fā)了他對成果轉(zhuǎn)化的興趣,在他沉醉于科研工作時(shí),也申請了大量專利,與他的學(xué)生進(jìn)行了大量成果轉(zhuǎn)化工作。

據(jù)不完全統(tǒng)計(jì),Church一共參與了22家公司的創(chuàng)立,這些公司涉及基因組學(xué)、癌癥治療、微生物與病原體、基因工程、綠色化學(xué)、區(qū)塊鏈、合成生物學(xué)等多個(gè)領(lǐng)域。他還為幾乎市面上所有的主流下一代測序公司提供咨詢服務(wù)。

Church參與創(chuàng)立的部分公司

在外界看來,成果轉(zhuǎn)化或許會(huì)花掉他大部分時(shí)間,但Church本人在一次采訪中強(qiáng)調(diào)事實(shí)并非如此,他更愿意把未來交給年輕人。

Church的大部分公司都是其與學(xué)生共同創(chuàng)立,他本人通常只作為聯(lián)合創(chuàng)始人或科學(xué)顧問。

無論是實(shí)驗(yàn)室還是公司,Church通常都是提供大方向上的指導(dǎo)意見,但并不參與日常運(yùn)作。在他看來,看到年輕人用實(shí)際行動(dòng)去改變這個(gè)世界,是一件值得欣慰的事情。

他的科研精神也影響著他的學(xué)生們。

在Church實(shí)驗(yàn)室里,沒有所謂的等級(jí)制度,所有人都是平等的科學(xué)家。他們來自五湖四海,有著不同的文化和背景,但有著同樣的對科學(xué)的敬畏與好奇心。

這些青年科學(xué)家們會(huì)因?yàn)橛兄餐难芯颗d趣而自發(fā)的組成研究小組,他們?yōu)樯镝t(yī)藥、醫(yī)療器械、能源、環(huán)保等多個(gè)領(lǐng)域的發(fā)展帶來了推動(dòng)力與生命力。

在Church看來,下一代能產(chǎn)生深遠(yuǎn)影響的將會(huì)基因測序、基因編輯、合成生物學(xué)等具有變革力量的前沿科學(xué),這些研究通常會(huì)具有一定程度的社會(huì)影響力。

而利用這些技術(shù),做能夠造福社會(huì)、改變世界的研究是他多項(xiàng)研究的出發(fā)點(diǎn)。這樣的理念也通過他、他的實(shí)驗(yàn)室、他的學(xué)生在傳承,從基礎(chǔ)研究到產(chǎn)業(yè)應(yīng)用,基因測序到基因編輯到腦科學(xué),新一代的力量正在啟航。

本文為轉(zhuǎn)載內(nèi)容,授權(quán)事宜請聯(lián)系原著作權(quán)人。

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George Church,科學(xué)家與創(chuàng)業(yè)者的完美結(jié)合。

文|動(dòng)脈橙果局

George Church教授或許是哈佛大學(xué)商業(yè)化最成功的科學(xué)家之一。他是人類遺傳學(xué)和生物技術(shù)領(lǐng)域的權(quán)威科學(xué)家,他以在基因組測序、基因編輯、合成生物學(xué),以及神經(jīng)科學(xué)的科研貢獻(xiàn)而享譽(yù)全球。

同時(shí),他也是個(gè)人基因組學(xué)和合成生物學(xué)的開創(chuàng)者。他對產(chǎn)業(yè)的貢獻(xiàn)包含了人類基因組學(xué)、綠色化學(xué)和清潔能源等。

他在1984年參與啟動(dòng)了20世紀(jì)人類最偉大的幾乎之一“人類基因組計(jì)劃”,并于1986年加入哈佛醫(yī)學(xué)院,他現(xiàn)在是哈佛醫(yī)學(xué)院遺傳學(xué)教授,也是哈佛大學(xué)懷斯生物靈感工程研究所的創(chuàng)始成員。

在40余年的研究生涯中,Church成為了基因組工程、再生醫(yī)學(xué)、合成生物學(xué)等領(lǐng)域金字塔頂端的科學(xué)家,開創(chuàng)了復(fù)用分子等概念,并在新技術(shù)轉(zhuǎn)移轉(zhuǎn)化上有著卓越成就。

他在生命科學(xué)領(lǐng)域累積發(fā)表了超過400篇學(xué)術(shù)論文,并擁有95項(xiàng)專利,諸多突破性創(chuàng)新也成為了Editas Medicine(基因治療)、 Gen9bio(合成DNA)等知名生物技術(shù)新銳的基礎(chǔ)。這些公司正在將這些創(chuàng)新技術(shù)應(yīng)用于醫(yī)學(xué)診斷、創(chuàng)新療法以及合成生物學(xué)中。

01 被退學(xué)的天才

1954年8月,這位偉大的遺傳學(xué)先驅(qū)出生于佛羅里達(dá)州的麥克迪爾空軍基地。他上過公立學(xué)校,也上過天主教學(xué)校,但他認(rèn)為這兩個(gè)系統(tǒng)的教育資源都比較貧乏。

不滿足學(xué)校課程的Church閱讀了大量書籍,他尤其喜歡科學(xué)類。10歲左右,Church就自己建造了一臺(tái)模擬計(jì)算機(jī)。

他的繼父是一名醫(yī)生,受他的影響,Church也對生化科學(xué)有著濃厚興趣。繼父的醫(yī)藥包里有各類藥物,幼時(shí)的Church對此充滿好奇。

他找來一些蝌蚪分成兩組,將藥片碾碎加入其中一組的水里,觀察對比兩組蝌蚪的生長情況。最終,他發(fā)現(xiàn)激素能夠在一定程度上加速蝌蚪的生長,并把結(jié)果展示在生物課上。

高中時(shí),Church第一次離開佛羅里達(dá)州,他被送到了馬薩諸塞州安多弗的菲利普斯學(xué)院讀書。

Church在宿舍里養(yǎng)了一堆食肉植物,并想通過澆灌赤霉素把它們變成龐然大物;他用達(dá)特茅斯學(xué)院的共享電腦自學(xué)計(jì)算機(jī)知識(shí);還在完成化學(xué)課程后被允許獨(dú)立進(jìn)入化學(xué)實(shí)驗(yàn)室,繼續(xù)對化合物進(jìn)行探索。

這段經(jīng)歷對他的大學(xué)生涯有著持續(xù)影響,在1972年進(jìn)入杜克大學(xué)后,Church選修了許多研究生和獨(dú)立學(xué)習(xí)的課程,并在2年內(nèi)完成,順便還參加了麻省理工學(xué)院的量子物理學(xué)暑假課程。

1973年,Church進(jìn)入Sung-Hou Kim的晶體學(xué)實(shí)驗(yàn)室,在這里,他“終于找到了計(jì)算機(jī)與生物學(xué)的交集”。出于對物理、數(shù)學(xué)、生物學(xué)、化學(xué)和計(jì)算機(jī)等科學(xué)強(qiáng)烈的好奇心,他在杜克大學(xué)的第二年和最后一年都泡在那兒。

Church曾這樣回憶這段時(shí)光:“Kim幾乎把我以同輩相待,他能夠注意到我身上的閃光點(diǎn),這些是別人沒有發(fā)現(xiàn)的?!?/p>

對科研的執(zhí)著讓Church決定繼續(xù)讀研究生,由于覺得自己還年輕也不成熟,他認(rèn)為自己應(yīng)該繼續(xù)呆在同一個(gè)學(xué)校,申請了杜克大學(xué)的微生物博士。

這期間,他依舊呆在Kim的實(shí)驗(yàn)室,并很快發(fā)表了五篇文章。一年后,Church改讀生化博士。但不久之后,他卻遭遇了人生的第一個(gè)低谷——Church被學(xué)校退學(xué)了。

退學(xué)的原因是由于沒有去上課,Church生化和微生物兩門課掛了科。但Church認(rèn)為這些課程都已經(jīng)學(xué)過了,沒有必要再去重復(fù)一遍。導(dǎo)師Kim曾試圖說服學(xué)校讓Church留下,但終究無果。

多年后,《國家地理》高級(jí)編輯彼得·米勒在系列節(jié)目《創(chuàng)新者》中這樣評價(jià):“作為杜克大學(xué)的一名研究生……他用x射線結(jié)晶學(xué)研究了“轉(zhuǎn)移”RNA的三維結(jié)構(gòu),該RNA對DNA進(jìn)行解碼,并將指令傳遞到細(xì)胞的其他部分。這是一項(xiàng)開創(chuàng)性的研究,但Church每周在實(shí)驗(yàn)室花費(fèi)的時(shí)間高達(dá)100小時(shí),以至于他(1975年秋天)忽略了其他課程?!?。

“我喜歡做研究,但不喜歡上課,因?yàn)槲冶究频臅r(shí)候已經(jīng)學(xué)過了,”談及這段經(jīng)歷,Church曾多次這樣回憶。

02 一場測序技術(shù)的革命

好在Kim并沒有放棄他,他讓Church繼續(xù)呆在實(shí)驗(yàn)室做技術(shù)員。在Church意志消沉,打算就這樣過一輩子時(shí),也是Church鼓勵(lì)他:“我不認(rèn)為你會(huì)止步于技術(shù)員,你有很多想法,理應(yīng)在去申請研究生”。

但Church對這些話半信半疑,他覺得一個(gè)被杜克大學(xué)退學(xué)的人怎么再去申請研究生。于是他糊弄的只填了哈佛大學(xué)分子生物學(xué)博士的申請書,沒有抱太大希望的等待著。即使在多年后,Church依然對自己能夠進(jìn)入哈佛大學(xué)的博士課程感到驚訝。

在進(jìn)入哈佛大學(xué)讀博前的那個(gè)夏天,Church呆在波士頓看分子生物學(xué)論文和計(jì)劃實(shí)驗(yàn)。那時(shí)他就已經(jīng)在構(gòu)思改良DNA測序技術(shù),并決定要加入了諾貝爾獎(jiǎng)得主Walter Gilbert的實(shí)驗(yàn)室。

博士期間,Church研究了聚合酶測序法,并開發(fā)了一些最早的測序儀,掀起了下一代測序的革命。

往后的幾十年,Church一直在哈佛大學(xué)任教、科研。他的研究成果為基因組測序和基因編輯奠定了發(fā)展基礎(chǔ),并基于這些基礎(chǔ)研究開創(chuàng)了基因測序、合成生物學(xué)及腦科學(xué)等大熱領(lǐng)域的顯赫。在這里,他開啟了屬于自己的生命科學(xué)時(shí)代。

1985年,生命科學(xué)領(lǐng)域發(fā)起了一項(xiàng)宏偉的計(jì)劃——“人類基因組計(jì)劃”。這是一項(xiàng)跨國跨學(xué)科的科學(xué)探索工程,其宗旨在于測定組成人類染色體(指單倍體)中所包含的30億個(gè)堿基對組成的核苷酸序列,從而繪制人類基因組圖譜,并且辨識(shí)其載有的基因及其序列,達(dá)到破譯人類遺傳信息的最終目的。Church是這一計(jì)劃的發(fā)起人之一。

此外,Church還和Walter Gilbert共同發(fā)明了直接基因組測序發(fā),奠定了二代測序技術(shù)發(fā)展的基石。這些技術(shù)在2005年開始影響規(guī)模化測序。

不僅如此,Church也是納米孔測序技術(shù)的發(fā)明人之一,他目前在Illumina、Danaher Corporation、羅氏診斷、太平洋生物科學(xué)等幾乎所有的大型測序公司擔(dān)任顧問。毫不夸張的說,他是下一代測序的重要奠基人。

第二代測序儀誕生使得測序成本下降形成“超摩爾定律”之勢,Church便開始推動(dòng)個(gè)人基因組的普及。

他在2005年啟動(dòng)了個(gè)人基因組計(jì)劃(PGP)希望能從全球招募10萬個(gè)體,通過對基因數(shù)據(jù)的共享,來回答一個(gè)問題——人類為什么會(huì)罹患各類疾病,或者不會(huì)得某些疾病。

達(dá)成這一目標(biāo)的關(guān)鍵是數(shù)據(jù)的整合與共享。目前參與該計(jì)劃的國家包括美國、加拿大、英國、奧地利,以及中國。據(jù)了解,該計(jì)劃是目前全球唯一開放人類基因組和特征數(shù)據(jù)集。

他分別在2014年和2018年參與創(chuàng)立了Veritas Genetics和Nebula Genomics,旨在通過測序技術(shù)、區(qū)塊鏈等技術(shù)讓更多人從基因組數(shù)據(jù)中受益。

2004年開始,Church和團(tuán)隊(duì)開始致力于DNA合成與組裝的研究,并開發(fā)了用于組合文庫和大型基因組片段的DNA陣列(又名DNA芯片)組裝的合成器。

基于在人類基因組計(jì)劃、測序技術(shù),以及DNA合成與組裝領(lǐng)域的卓越貢獻(xiàn),他在2012年當(dāng)選美國國家工程院院士。

03 第三代基因編輯重要奠基人,引領(lǐng)合成生物學(xué)時(shí)代

Church還是“基因工程”的開創(chuàng)者之一。

他在1997年開始研究普通同源重組或序列特異性核酸酶技術(shù),并在Jennifer Doudna和Emmanuelle Charpentier發(fā)現(xiàn)的CRISPR/Cas9技術(shù)上進(jìn)行優(yōu)化,開發(fā)了多重自動(dòng)基因組工程技術(shù)(MAGE)。

區(qū)別于一次僅改造一個(gè)基因的技術(shù),MAGE可對細(xì)胞染色體上的多個(gè)基因或位點(diǎn)進(jìn)行修飾,方式也是多樣的,可以是插入、錯(cuò)配或缺失。基于這一技術(shù),Church和團(tuán)隊(duì)進(jìn)行了多項(xiàng)應(yīng)用研究,為后續(xù)合成生物學(xué)、細(xì)胞治療、異種移植等領(lǐng)域的發(fā)展奠定了基礎(chǔ)。

2013年,他的團(tuán)隊(duì)首次實(shí)現(xiàn)了大腸桿菌基因組的重新編碼,他們進(jìn)一步改造了E. coli菌株,使得E. coli菌株能夠產(chǎn)生一種本身不能合成、且自然界中不存在的氨基酸。

幾十年里,科學(xué)家們?yōu)榱嗽诘鞍踪|(zhì)中加入非天然氨基酸進(jìn)行了各種嘗試,基因密碼子拓展技術(shù)就是其中一種探索,通過定點(diǎn)插入非天然氨基酸,可以拓展藥物設(shè)計(jì)空間,可以突破傳統(tǒng)大分子藥物研發(fā)的現(xiàn)有模式,是一種極具潛力的革命性技術(shù)。

2017年,基于在合成生物學(xué)和基因編輯領(lǐng)域的研究,Church實(shí)驗(yàn)室孵化出了一家叫做GRObio的初創(chuàng)公司。該公司重新編碼了大腸桿菌的基因組,使這些細(xì)菌能夠通過使用非天然氨基酸產(chǎn)生蛋白質(zhì),目前已獲得3120 萬美元的投資。

iPS重編程在構(gòu)建疾病模型和新藥開發(fā)中有著很高的應(yīng)用價(jià)值,成為近幾年的研究熱點(diǎn)。Church是人類誘導(dǎo)多能干細(xì)胞(hiPS)研究領(lǐng)域最領(lǐng)先的研究人員之一。

他在2014年領(lǐng)導(dǎo)團(tuán)隊(duì)在人iPS細(xì)胞中進(jìn)行了CRISPR基因編輯研究,通過將全基因組測序和靶向深度測序結(jié)合起來,評估了Cas9編輯iPS細(xì)胞時(shí)的脫靶效應(yīng),還鑒定了一個(gè)影響Cas9特異性的單核苷酸變異(SNV)。

除了基于人的研究外,Church還利用基因編輯技術(shù)在動(dòng)物研究中進(jìn)行了更多前沿而大膽的嘗試。2015年,Church通過CRISPR 基因編輯成功將長毛象基因片段復(fù)制到一頭亞洲象的基因組中。

科學(xué)家們通過冷凍猛犸象標(biāo)本獲得其基因片段(包括耳朵、皮下脂肪和毛發(fā)屬性等信息),在將這些片段拼接到亞洲象皮膚細(xì)胞的DNA中。這一實(shí)驗(yàn)標(biāo)準(zhǔn)著猛犸象自滅絕以來,其基因首次在功能層面上活躍。

但Church表示,“僅僅改變DNA并沒有什么意義。我們想讀出表型?!?/p>

為了做到這一點(diǎn),該團(tuán)隊(duì)計(jì)劃進(jìn)行進(jìn)一步的研究,嘗試將雜交大象/猛犸象的皮膚細(xì)胞變成可以在人工子宮中生長的雜交胚胎。2021年9月13日,Church成立了Colossal,該公司試圖利用遺傳密碼來恢復(fù)毛猛犸象。

不過,猛犸象遺骸已歷經(jīng)萬年,細(xì)胞核早已受損。所以嚴(yán)格意義上說,所謂的 “復(fù)活”,只能是 “產(chǎn)生新的個(gè)體,其基因中含有猛犸象的某些性狀”。目前, Colossal已宣布獲得了1500萬美元種子輪融資。

他還參與了多重DNA用途的發(fā)現(xiàn)工作,包括弱相互作用大質(zhì)量粒子(WIMP)暗物質(zhì)探測器、抗癌“納米機(jī)器人”,以及密度超過傳統(tǒng)磁盤驅(qū)動(dòng)器100萬倍ID數(shù)字?jǐn)?shù)據(jù)存儲(chǔ)策略。通過聚合酶的的作用,DNA可以用來感知和存儲(chǔ)光子、核苷酸或離子的變化。

04 “腦科學(xué)”計(jì)劃的誕生

Church還是腦科學(xué)計(jì)劃的提出者之一。

在2011年9月英國的一次贊助會(huì)上,Church和卡夫利基金會(huì)的哥倫比亞大學(xué)科學(xué)家Rafael Yuste提倡:通過廣泛、協(xié)調(diào)一致的努力來開發(fā)一項(xiàng)新技術(shù),用于追蹤人類大腦的功能連接活動(dòng),最終可以達(dá)到測量每一個(gè)神經(jīng)元活動(dòng)的水平。

盡管一些與會(huì)者持懷疑態(tài)度,但該倡議最終還是形成了一本白皮書,由卡夫利基金會(huì)科學(xué)家項(xiàng)目副主席Miyoung Chun主導(dǎo)推廣活動(dòng)。同年12月,他們在NIH、DARPA和白宮科技政策辦公室(OSTP)舉行了一系列會(huì)議。

2012年,這個(gè)六人團(tuán)隊(duì)在《神經(jīng)元》雜志發(fā)表了關(guān)于項(xiàng)目的研究目的和細(xì)節(jié),并說明項(xiàng)目將逐步從繪制果蠅等簡單模型生物的大腦活動(dòng)圖譜發(fā)展到制作如小臭鼩等擁有月100萬個(gè)神經(jīng)元的生物大腦圖譜。

他們強(qiáng)調(diào),人類大腦活動(dòng)圖譜是這一項(xiàng)目的最終目標(biāo),但這并非近期目標(biāo)。

這一年7月,根據(jù)OSTP提出要像人類基因組計(jì)劃那樣在科學(xué)和科技領(lǐng)域具有重大挑戰(zhàn)性的要求,Church以及其他文章的合著者,以及聯(lián)邦機(jī)關(guān)的官員(尤其是OSTP政策司副司長Tom Kali)多次對話后,對此前提議進(jìn)行了修改,將項(xiàng)目更多關(guān)注點(diǎn)放在對于人類的適用性上。OSTP和NIH的參與使得該課題向著更具有社會(huì)意義的方向轉(zhuǎn)變。

2013年,奧巴馬宣布啟動(dòng)名為“通過推動(dòng)創(chuàng)新型神經(jīng)技術(shù)開展大腦研究”計(jì)劃,這一計(jì)劃源于六人團(tuán)隊(duì)上一年提出的“大腦活動(dòng)地圖(Brain Activity Map)”。

該項(xiàng)目從最初提議開發(fā)一種研究大腦功能的技術(shù),到后來轉(zhuǎn)移到研究動(dòng)物模型的腦部活動(dòng)突破,再到提議該計(jì)劃更應(yīng)該關(guān)注人類腦部,到最終奧巴馬宣布計(jì)劃成立,計(jì)劃的目標(biāo)不斷調(diào)整,最終研究目標(biāo)確定為不僅致力于腦功能的研究,也致力于神經(jīng)技術(shù)和工具的研發(fā)。

05 參與22家科技公司的創(chuàng)立

作為科學(xué)家,Church無疑成功且卓越的,他是下一代測序技術(shù)以及CRISPR技術(shù)的奠基人,并且基于這些研究工具,開創(chuàng)了個(gè)人基因組、合成生物學(xué)、腦科學(xué)等多個(gè)時(shí)代。

同樣,Church也是一名成功的創(chuàng)業(yè)者。

在Biogen的經(jīng)歷激發(fā)了他對成果轉(zhuǎn)化的興趣,在他沉醉于科研工作時(shí),也申請了大量專利,與他的學(xué)生進(jìn)行了大量成果轉(zhuǎn)化工作。

據(jù)不完全統(tǒng)計(jì),Church一共參與了22家公司的創(chuàng)立,這些公司涉及基因組學(xué)、癌癥治療、微生物與病原體、基因工程、綠色化學(xué)、區(qū)塊鏈、合成生物學(xué)等多個(gè)領(lǐng)域。他還為幾乎市面上所有的主流下一代測序公司提供咨詢服務(wù)。

Church參與創(chuàng)立的部分公司

在外界看來,成果轉(zhuǎn)化或許會(huì)花掉他大部分時(shí)間,但Church本人在一次采訪中強(qiáng)調(diào)事實(shí)并非如此,他更愿意把未來交給年輕人。

Church的大部分公司都是其與學(xué)生共同創(chuàng)立,他本人通常只作為聯(lián)合創(chuàng)始人或科學(xué)顧問。

無論是實(shí)驗(yàn)室還是公司,Church通常都是提供大方向上的指導(dǎo)意見,但并不參與日常運(yùn)作。在他看來,看到年輕人用實(shí)際行動(dòng)去改變這個(gè)世界,是一件值得欣慰的事情。

他的科研精神也影響著他的學(xué)生們。

在Church實(shí)驗(yàn)室里,沒有所謂的等級(jí)制度,所有人都是平等的科學(xué)家。他們來自五湖四海,有著不同的文化和背景,但有著同樣的對科學(xué)的敬畏與好奇心。

這些青年科學(xué)家們會(huì)因?yàn)橛兄餐难芯颗d趣而自發(fā)的組成研究小組,他們?yōu)樯镝t(yī)藥、醫(yī)療器械、能源、環(huán)保等多個(gè)領(lǐng)域的發(fā)展帶來了推動(dòng)力與生命力。

在Church看來,下一代能產(chǎn)生深遠(yuǎn)影響的將會(huì)基因測序、基因編輯、合成生物學(xué)等具有變革力量的前沿科學(xué),這些研究通常會(huì)具有一定程度的社會(huì)影響力。

而利用這些技術(shù),做能夠造福社會(huì)、改變世界的研究是他多項(xiàng)研究的出發(fā)點(diǎn)。這樣的理念也通過他、他的實(shí)驗(yàn)室、他的學(xué)生在傳承,從基礎(chǔ)研究到產(chǎn)業(yè)應(yīng)用,基因測序到基因編輯到腦科學(xué),新一代的力量正在啟航。

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